GC-MS和LC-MS兩種平臺各有優勢,主要是由目標化合物的理化性質決定,GC-MS適合易揮發性、分子量不太大的化合物,而且,離子源為EI,碎片信息多,有成熟的圖譜庫,便于化合物檢索,對于非揮發性成分則需要衍生化;而LC-MS離子源為APCI或者ESI源,適合做中等或強極性的化合物,分子量范圍廣,靈敏度高,前處理簡單,但是LC-MS的價格要貴點,因此可以根據實際情況選擇合適的檢測平臺。